سودوموناس آئروژینوزا (P.aeruginosa)، باسیل‌های گرم منفی بلند با اندازه تقریباً یکسان. گونه‌های سودوموناس بلندتر و باریک‌تر از باسیل‌های گرم منفی خانواده انتروباکتریاسه نظیر کلبسیلا و اشرشیا کولی می‌باشند با این وجود افتراق سودوموناس‌ها از سایر باسیل‌های گرم منفی در رنگ‌آمیزی گرم مشکل می‌باشد.

رنگ‌آمیزی گرم از استنوترفوموناس مالتوفیلیا (S.maltophilia). این نمونه توسط برونکوسکپی از یک بیمار نوتروپنیک دریافت کننده پیوند مغز استخوان تهیه شده است. عدم حضور نوتروفیل‌ها اما وجود سلول‌های اپی تلیال مژگ‌دار و منشعب دستگاه تنفسی تحتانی به عنوان منبع را تائید می‌کند. سلول‌های اپی تلیال مژگ‌دار معمولاً در نمونه‌های گرفته شده از خلط بندرت یافت می‌شوند اما بطور معمول در نمونه‌های گرفته شده توسط برونکوسکپی یافت می‌شوند.

اسینتوباکتر باومانی (A.baumanii)، باسیل‌های گرم منفی چاق و کوتاه نزدیک به کوکسی. این باکتری بعضی اوقات به اشتباه به عنوان گونه‌های نایسریا شناسائی می‌شوند.